La Vicerrectoría de Investigación e Innovación de Unibe, fue creada en el 2021 con el objetivo de fortalecer el sistema de generación de conocimientos de manera que pueda brindar soluciones basadas en evidencias a las principales necesidades del país. La Vicerrectoría de Investigación e Innovación es la unidad administrativa que crea e implementa políticas y programas de investigación y gestiona proyectos de investigación con fondos externos y propios de la universidad.
Para esto cuenta con unidades administrativas que permiten la realización de investigaciones de impacto, con alto rigor científico, contextualizadas en las necesidades del país. Desde la vicerrectoría se gestiona el Comité de Ética de Investigación, el cual vela por la seguridad e integridad de todos los seres humanos que participan en investigaciones de Unibe. Igualmente cuenta con una coordinación para fines de logística e implementación, así como laboratorios, centros e institutos especializados.